Elliot Stroud satte ledningsmålet i den 19:e minuten. Paulos Abraham kvitterade tre minuter senare.
Jacob Bergström sköt in 2-1 strax före halvtid. Därefter höll Mjällby.
Slutminuterna blev kaos. Viktor Gustafson blev utvisad efter att ha dragit Nikola Vasic i håret. Abraham föll i straffområdet men fick ingen straff.
– Från min position ser det ut att vara straff. Men jag behöver se den i efterhand, säger Hammarbys tränare Kalle Karlsson.
Målvakten Warner Hahn ville inte ha silvermedaljen.
– Jag vill inte ha något silver. Om man spelar fotboll vill man ha priser efter att ha vunnit, inte efter att ha förlorat, säger Hahn.
Nahir Besara tackade också nej.
– Man har fått några silvermedaljer nu de senaste åren. De är man trött på.
Tvåa i allsvenskan 2024. Tvåa i allsvenskan 2025. Och nu ett nytt silver.