Kenan Busuladzic skadade knät i 20:e minuten. Han jagade Tobias Sana, föll i löpningen och linkade av planen.
In kom Jovan Milosavljevic. Den 19-årige serben svarade med sina två första allsvenska mål.
Framspelningen från Theodor Lundbergh till 1–0 berömdes av Jens Fjellström i TV4 Play.
– Så fint av honom. Där går det inte att missa, sa experten.
Otto Rosengren nickade in 2–0 efter en blockerad avslut från Daniel Gudjohnsen. Sana reducerade på straff.
– Väldigt tveksam straff, menade Fjellström.
Bleon Kurtulus nickade in 3–1 på hörna. Milosavljevic avgjorde i den 94:e minuten.
– Jag kan inte beskriva hur glad jag är, sa 19-åringen till SVT Sport.
Örgryte vaknade för sent trots en bättre andra halvlek. Busuladzics skada överskuggade en match där MFF äntligen vann hemma igen.