Dijan Vukojevic sköt Degerfors i ledning efter 17 minuter. Diego Garcia kvitterade i den 48:e minuten.
Sedan slog Vukojevic till igen i den 70:e minuten. Det blev hans andra mål för kvällen.
Malmö dominerade matchen helt. 74 procent bollinnehav, 12 avslut mot Degerfors fem. Det räckte inte.
Andrej Djuric nickade in en boll i eget mål i slutminuterna. Men målet dömdes bort för offside.
– Det är bara att ta. De kommer hit och betalar pengar för att se oss prestera och det gör vi inte, säger Johan Karlsson till SVT Sport.
Degerfors första seger sedan slutet av april kom på bortaplan mot mästarna.