Dijan Vukojevic avgjorde med två mål. Det andra från 60 meter.
Degerfors hade inte vunnit sedan slutet av april. Men de höll emot trots att Malmö hade 74 procent bollinnehav.
Diego Garcia kvitterade till 1-1 i den 48:e minuten. Sedan kom Vukojevic igen i den 70:e.
Malmö tryckte på. Tolv avslut mot fem. Det räckte inte.
– Det är bara att ta. De kommer hit och betalar pengar för att se oss prestera och det gör vi inte, säger Johan Karlsson till SVT Sport.
Andrej Djuric nickade in en boll i eget mål i slutminuterna. Målet dömdes bort för offside.
Första segern för Degerfors på över tre månader – och den kom mot mästarna.