Mohamed Soumah gav Sirius ledningen i den 13:e minuten. Adrian Skogmar kvitterade i den 37:e efter att ha hoppat in.
Sead Haksabanovic gav MFF ledningen i den 55:e minuten. Men sedan vände Sirius.
Isak Bjerkebo och Robbie Ure avgjorde matchen med två mål på fem minuter.
– Vi hade svårt i första halvlek att hitta ytor bakom deras press, säger tränaren Miguel Angel Ramirez efter matchen.
Han pekar ut det avgörande problemet:
– Att släppa in tre mål på fasta situationer är inte acceptabelt. Vi visste att Sirius är skickliga på fasta situationer.
Skogmar hoppade in och bidrog i andra halvlek. Men det räckte inte hela vägen.
Malmö tappar viktiga poäng i toppmötet.
Källor