Arben Zeneli gav Elfsborg ledningen redan efter fem minuter. Momoh Ibrahim Kamara utökade till 2–0 i den 34:e minuten.
Jens Stryger reducerade för Malmö i den 22:a minuten. Men mer än så blev det inte.
Tränare Gaute Helstrup var besviken efter matchen.
– Prestationsmässigt hade jag hoppats på mer. Vi har stundtals ett spelövertag som vi inte utnyttjar tillräckligt väl, säger han.
Malmö hanterade inte Elfsborgs kontringar. Presspelet svek i perioder.
Elfsborg fick dessutom ett rött kort under matchen. Då spelade Malmö som bäst och skapade tryck.
Men det räckte inte för poäng.
– Vi är för utsträckta, vi måste bli ett mer kompakt lag, säger Helstrup.
Förlusten innebär att Malmö tappar mark i toppen av Allsvenskan.