Anton Andreasson gav Örgryte ledningen i den 51:a minuten. Erik Botheim kvitterade för Malmö i den 73:e.
Tränare Miguel Angel Ramirez erkände problemen i första halvlek.
– Vi hade problem där vädret ställde till det för båda lagen. Vi hade svårt att hitta rätt tempo i spelet i inledningen, säger Ramirez.
Han menade att Malmös mål kom efter misstag från laget själva.
– Målet vi släpper in i början av den andra är onödigt och speglade inte matchbilden där och då, säger tränaren.
Malmö avslutade starkt och skapade flera chanser.
– Jag tycker att vi avslutar matchen bra. Vi är förstås inte nöjda med poängen, vi ville vinna, säger Ramirez.
Ett tungt poängtapp för ett Malmö som siktar på guldet.