Kristian Lien öppnade målskyttet i den 35:e minuten. Jeppe Okkels utökade till 2–0 i den 58:e. Patric Åslund satte spiken i kistan i den 82:a minuten.
Gaute Helstrup var hård i sin självkritik efter slutsignalen.
– Det var en tuff match för oss och vi var inte ett lag sista timmen, säger Helstrup.
– Vi öppnade upp oss, vi var långa, breda och blottade oss för kontringar. Vi blev rädda och Djurgården var klart det bästa laget sista timmen.
Malmö hade en okej inledning.
– Vi har några sekvenser under den första halvtimmen där vi får dem ur balans, men sista timmen var en allt för dålig prestation och väldigt lite att bygga vidare på, säger Helstrup.
Han var tydlig med vad som krävs framöver.
– Vi måste bli ett bättre fotbollslag som får med sig mer på hemmaplan.
Förlusten sätter press på Malmö inför slutspurten av Allsvenskan.