Kristian Lien öppnade målskyttet i den 35:e minuten. Jeppe Okkels och Patric Åslund avgjorde.
Malmö hade bra inledning men kollapsade sedan totalt. Gaute Helstrup var självkritisk efter matchen.
– Vi var inte ett lag sista timmen. Vi öppnade upp oss, vi var långa, breda och blottade oss för kontringar, säger Helstrup.
Malmö skapade chanser första halvtimmen. Sedan tog Djurgården över helt.
– Vi blev rädda och Djurgården var klart det bästa laget sista timmen, fortsätter Helstrup.
Tränaren var tydlig med att prestation inte var godkänd.
– Sista timmen var en alldeles för dålig prestation och väldigt lite att bygga vidare på. Vi måste bli ett bättre fotbollslag som får med sig mer på hemmaplan, säger han.
En förlust som gör att Malmös hemmaform fortsätter att vara en fråga.