Anton Andreasson satte 1–0 i den 51:a minuten. Erik Botheim kvitterade i den 73:e.
Tränaren Miguel Angel Ramirez var besviken efteråt.
– Vi hade problem i den första halvleken där vädret ställde till det för båda lagen, sa han.
Malmö skapade flera chanser i slutskedet. Men bollen ville inte in.
– Vi är förstås inte nöjda med poängen, vi ville vinna, konstaterade Ramirez.
Han pekade på ett misstag i försvaret som ledde till Örgrytemålet.
– Det kom efter misstag från vår sida, sa tränaren.
Malmö spelade upp sig mot slutet av första halvleken. Men det räckte inte hela vägen.
En tung start för ett lag som ska utmana om guldet.