Kristian Lien öppnade målskyttet i den 35:e minuten. Jeppe Okkels utökade till 2–0 i den 58:e. Patric Åslund satte 3–0 i den 82:a minuten.
Tränaren Gaute Helstrup var tydlig i sin kritik efter matchen.
– Det var en tuff match för oss och vi var inte ett lag sista timmen. Vi öppnade upp oss, vi var långa, breda och blottade oss för kontringar, sa Helstrup.
Han fortsatte:
– Vi blev rädda och Djurgården var klart det bästa laget sista timmen. Vi har några sekvenser under den första halvtimmen där vi får dem ur balans, men sista timmen var en allt för dålig prestation.
Helstrup var klar med vad som behöver förbättras.
– Vi måste bli ett bättre fotbollslag som får med sig mer på hemmaplan, sa han.
En förlust som visar att Malmö har stora problem att lösa inför kommande matcher.