Adrian Svanbäck nickade in matchens enda mål på hörna från Mikkel Rygaard i den 52:a minuten.
Med tio minuter kvar trodde Anders Christiansen att han kvitterat. Hans långlobb dömdes bort för offside.
– Jag är onside, säger dansken i TV4 Play.
Långlobben förde tankarna till Ola Toivonens klassiker mot Frankrike i VM-kvalet 2017.
Gaute Helstrup efter matchen:
– Vi börjar matchen fint men tappar initiativet. Vi har en dålig struktur defensivt. Häcken tar sig in i ytorna de vill komma in i och vi lyckas inte ta oss ut med bollen.
Hemmalaget hade stort spelövertag i andra halvlek men fick aldrig in bollen.
Malmös kräftgång på hemmaplan fortsätter – ännu en förlust i jakten på serieguldet.