Nahir Besara gjorde tre mål. Victor Lind stod för det fjärde.
Hammarbys Montader Madjed var hänsynslös i sin analys efter matchen.
– Jag har aldrig sett Malmö så svaga, faktiskt. Det kändes som att vi mötte ett bottenlag, mittenlag, säger Madjed.
Malmö har nu släppt in 15 mål på åtta omgångar. Erik Botheim saknar svar.
– Ingenting fungerar i dag. Jag ber om ursäkt, självklart. Det gör ont att leverera en sådan prestation, säger anfallaren.
Även Sead Haksabanovic bad om ursäkt till supportrarna som rest upp till Stockholm.
Backen Colin Rösler var lika självkritisk.
– Det är pinsamt. Vi måste alla se oss själva i spegeln, säger han.
Madjed tvivlar på att Malmö kan vara med i guldstriden.
– Om de ska vara med och vinna guldet så måste det ändras på mycket, tror jag.
Förlusten innebär att Malmös svacka fortsätter och att de tappar mark på toppen.