Lottningen genomfördes i Monaco på fredagen. Mjällby får tre matcher hemma och tre borta.
Den tuffaste utmaningen blir italienska Atalanta. Den matchen spelas på bortaplan.
Hemma på Strandvallen väntar Pafos från Cypern, Borac från Bosnien och Hercegovina samt Inter Escaldes från Andorra.
Borta blir det också matcher mot Kairat Almaty från Kazakstan och Iberia Tbilisi från Georgien.
Ligafasen startar den 15 oktober. Sista matchen spelas den 17 december.
Mjällby är i Conference League efter förlusten mot Red Bull Salzburg i Europa League-playoffet. Det är klubbens första säsong i europeiskt gruppspel.