Carl Gustafsson sköt in 1-0 för Kalmar i den 13:e minuten. Noah Åstrand John kvitterade för Malmö efter halvtimmen. Sedan gav Charlie Rosenqvist Kalmar ledningen igen innan paus.
Skogmar nickade in 2-2 i den 64:e minuten.
Malmö hade det svårt inledningsvis men växte in i matchen. Tränare Gaute Helstrup var nöjd med andra halvlek.
– Killarna ska ha beröm för att vi blev bättre och bättre ju matchen led, vi vann boll högre och anföll med mer folk, säger han till klubbens sajt.
Robert Gojani spelade sin 100:e match för Kalmar.
Malmö fortsätter att tappa poäng borta trots att lagets pondus ökat sedan Helstrup tog över.