Carl Gustafsson satte 1-0 i den 13:e minuten. Noah Åstrand John reducerade till 1-1 i den 30:e. Charlie Rosenqvist gav Kalmar ledningen igen före paus – 2-1.
I den 64:e minuten kvitterade Adrian Skogmar till 2-2.
Malmö hade det svårt i första halvlek. Men blev bättre och bättre under matchens gång.
– Vi visste att det här skulle bli en tuff utmaning, och vi hade det lite svårt under inledningen av matchen, säger Malmötränaren Gaute Helstrup.
– Men killarna ska ha beröm för att vi blev bättre och bättre ju matchen led, vi vann boll högre och anföll med mer folk.
Robert Gojani spelade sin 100:e match för Kalmar FF.
Malmö fortsätter jakten på serieledningen medan Kalmar visar att de kan hänga med i toppstriden.