Carl Gustafsson gav hemmalaget ledning i den 13:e minuten. Noah Åstrand John reducerade för bortalaget i den 30:e. Charlie Rosenqvist sköt in 2-1 tre minuter senare.
I den andra halvleken kvitterade Adrian Skogmar till 2-2 i den 64:e minuten.
Malmös tränare Gaute Helstrup var nöjd med lagets utveckling. "Killarna ska ha beröm för att vi blev bättre och bättre ju matchen led", sa han efter matchen.
Robert Gojani spelade sin 100:e match för Kalmar FF.
Över 9 000 åskådare såg matchen. Kalmar hade svårt mot Hammarby senast och tappade nu ledningen hemma.