Carl Gustafsson satte 1-0 för hemmalaget i den 13:e minuten. Noah Åstrand John kvitterade för bortalaget efter halvtimmen.
Charlie Rosenqvist gjorde 2-1 i den 33:a minuten. Kalmar hade ledningen i paus.
I den 64:e minuten kom kvitteringen. Adrian Skogmar nickade in 2-2 för Malmö.
Malmö-tränare Gaute Helstrup var nöjd efter upphämtningen:
– Vi hade det lite svårt under inledningen av matchen. Men killarna ska ha beröm för att vi blev bättre och bättre ju matchen led.
Robert Gojani spelade sin 100:e match för Kalmar.
Över 9 000 åskådare såg matchen på måndagskvällen. För Kalmar blev det en tappad seger i kampen om tabellplacering.