Carl Gustafsson gav Kalmar ledningen i den 13:e minuten. Noah Åstrand John kvitterade för Malmö i den 30:e.
Charlie Rosenqvist gjorde 2-1 till Kalmar i den 33:e minuten. Men Adrian Skogmar svarade för 2-2 i den 64:e.
MFF-tränaren Gaute Helstrup var nöjd trots att laget släppte in två mål. "Vi visade att det här skulle bli en tuff utmaning, och vi hade det lite svårt under inledningen av matchen", sa han efter matchen.
"Men killarna ska ha beröm för att vi blev bättre och bättre ju matchen led, vi vann boll högre och anföll med mer folk. Vi gjorde en prestationsmässigt bättre andra halvlek."
Robert Gojani spelade sin 100:e match för Kalmar FF.
Malmö fortsätter sin tuffa matchperiod med europaspel och Allsvenskan parallellt.