Carl Gustafsson satte 1-0 för hemmalaget i den 13:e minuten. Noah Åstrand John kvitterade i den 30:e.
Tre minuter senare tog Charlie Rosenqvist tillbaka ledningen. 2-1 i paus.
Malmö vände på det i andra halvlek. Adrian Skogmar gjorde 2-2 i den 64:e minuten.
Malmö-tränare Gaute Helstrup var nöjd med andra halvlek.
– Vi hade det lite svårt under inledningen av matchen. Men killarna ska ha beröm för att vi blev bättre och bättre ju matchen led, sade han efter matchen.
Över 9 000 åskådare såg mötet på Guldfågeln Arena. Robert Gojani spelade sin 100:e match för Kalmar FF.
Nästa hemmamatch väntar redan på lördag när Mjällby kommer på besök.