Matchen avbröts under måndagskvällen i minut 39. Ett matchmöte pågick i nästan en och en halv timme. När det närmade sig midnatt kritiserade Blåvitt beslutet som "oproportionerligt".
Tisdagen återupptogs spelet inför tomma läktare. IFK Göteborg ledde länge med 2-1.
Daniel Paulson kvitterade för Öis i slutminuterna. Men glädjen blev kortvarig.
Tre minuter senare avgjorde Felix Eriksson efter framspel från Max Fenger. Det var hans första allsvenska mål.
– Oerhört tungt såklart, framförallt när vi får in kvitteringen, säger Paulson till SVT Sport.
Noah Christoffersson var besviken efter matchen.
– Vi var bättre än Göteborg överlag, säger 27-åringen som var tillbaka i startelvan efter skada.
Örgryte spelade upp sig under andra halvlek. Det räckte inte hela vägen.
IFK Göteborg tog sin första seger för säsongen i det första allsvenska derbyt mellan lagen på 17 år.