Över 1 500 blåvita supportrar var på plats när Blåvitt vann dubbelmötet med 4–3 efter förlängning. Men firandet urartade.
Av fyra toaletter på bortasektionen förstördes två helt. Toalettstolar, innertak, toalettbås och annan inredning slogs sönder. Även stolar på läktaren och väggar vandaliserades.
Uefas delegat dokumenterade skadorna. Estlands fotbollsförbund publicerade ett officiellt uttalande efter matchen.
– Under matchen befann sig bland annat svensk polis och säkerhetspersonal från IFK Göteborg i bortasektionen, skriver förbundet.
Blåvitt tar avstånd från händelsen.
"Vi tar starkt avstånd från skadegörelsen och vill rikta en ursäkt till FCI Levadia Tallinn som välkomnade oss under dagarna i Estland", skriver klubben i ett uttalande.
Ärendet är överlämnat till polisen. Klubben riskerar nu ekonomiska och sportliga konsekvenser i det europeiska kvalet.