Toalettstolar, innertak, toalettbås och annan inredning slogs sönder. Även stolar på läktaren och väggar vandaliserades.
Över 1 500 supportrar var på plats när Blåvitt vann dubbelmötet med 4–3 efter förlängning. Uefas delegat dokumenterade skadorna direkt efter matchen.
Estlands fotbollsförbund publicerade ett officiellt uttalande. Svensk polis och säkerhetspersonal från IFK Göteborg inspekterade skadorna tillsammans med säkerhetschefen.
IFK Göteborg tar avstånd från händelserna.
"Vi tar starkt avstånd från skadegörelsen och vill rikta en ursäkt till FCI Levadia Tallinn som välkomnade oss under dagarna i Estland", skriver klubben.
Ärendet är överlämnat till polisen. Blåvitt riskerar böter och andra disciplinära påföljder från Uefa.
En dyr seger för Göteborgarna, som nu går vidare till tredje kvalrundan i Conference League.