Hyllarion Goore bröt sig in och gav gästerna ledningen strax innan halvtid på Gamla Ullevi.
Direkt efter målet blev det kaos. Gent firade framför Göteborgs supportrar på kortsidan.
Noah Tolf rusade fram för att markera. Bråk uppstod mellan spelarna. 20-åringen fick gult kort.
– De firade framför våra fans, och det får de inte göra här. Så Noah reagerade, säger en spelare till SVT Sport.
Blåvitt hade svårt att hota under matchen. Gent kontrollerade spelet utan att imponera.
– Vi har allting att spela för nu, säger Sebastian Clemmensen till SVT Sport.
Returmatchen spelas i Belgien nästa vecka. Förlorarlaget är ute ur kvalet till Conference League.