Hyllarion Goore bröt sig in strax före paus och gav gästerna ledningen på Gamla Ullevi.
Direkt efter målet blev det bråk. Gent firade framför IFK:s kortsida, vilket gjorde hemmaspelarna irriterade.
Noah Tolf var först framme för att markera. 20-åringen fick gult kort i samband med tumultet.
– De firade framför våra fans, och det får de inte göra här, sa Tolf till SVT Sport.
IFK hade 62 procent bollinnehav och skapade fler chanser än belgarna. Men kunde inte få bollen i mål.
– Vi har allting att spela för nu, sa Sebastian Clemmensen till SVT Sport efter slutsignalen.
Returen spelas nästa vecka i Belgien. IFK behöver vinna för att gå vidare i kvalet.