Adrian Svanbäck nickade in matchens enda mål på hörna från Mikkel Rygaard i den 52:a minuten.
MFF tryckte på för kvittering. I den 81:a minuten lobbade Anders Christiansen in bollen från egen planhalva. Ett drömmål som förde tankarna till Ola Toivonens lobb mot Frankrike i VM-kvalet 2017.
Målet dömdes bort för offside.
– Jag är onside, sa Christiansen i TV4 Play.
Tränare Gaute Helstrup var självkritisk efter matchen.
– Vi börjar matchen fint men tappar initiativet. Vi har en dålig struktur defensivt. Häcken tar sig in i ytorna de vill komma in i, sa han på MFF:s hemsida.
– Det blir bättre i andra halvlek. Synd att vi inte fick in bollen.
Kräftgången i allsvenskan fortsätter för Malmö. Kampen om fjärdeplatsen blir allt svårare.