Victor Eriksson stötte in segermålet i öppen bur efter en hörna. Rockson Yeboah halkade och misslyckades med att rensa bort bollen.
– Det känns fantastiskt, säger Eriksson till SVT Sport.
Matchen bjöd på få chanser. Efter 60 minuter hade det inte skapats en enda ordentlig målchans. Det luktade 0-0.
Yeboah var självkritisk efter matchen.
– Vi förtjänade att vinna, jag är arg på mig själv. Det är tungt när man släpper in ett mål så sent, säger han.
Blåvitt har nu gått sju matcher utan seger. Det är lagets andra raka förlust.
Hammarby hade vunnit 18 av de senaste 19 mötena före matchen. Den statistiken förstärktes ytterligare.