Noah Persson sköt in segermålet på retur efter Nahir Besaras skott. Tim Rönning i Halmstads BK-målet släppte en svag retur.
– Det är inte ofta man är där uppe. Ett riktigt måltjuvsmål, men lika skönt är det ändå, säger Persson till TV4.
Hammarby hade chans efter chans mot tabelljumbon. Men nollan höll sig i 90 minuter.
I den 91:a minuten höll sig vänsterbacken Persson framme och rakade in bollen.
– Jag vet att Nahir har en bra fot. Om han skulle slå in den eller skjuta så skulle jag vara med på inlägget eller returen. Det var jag i dag, säger Persson.
Segern betyder att Hammarby tar in två poäng på Sirius i guldjakten. Nu är det nio poäng upp till serieledarna.
Tvåan Djurgården är en poäng före Hammarby.
Att vinna i Halmstads BK är ovanligt för stockholmarna – det hade bara hänt en gång tidigare de senaste åren.