Mari Nyhagen avgjorde i den 108:e minuten. Hon hade varit inbytt bara ett par minuter.
– Självklart vill man starta, men detta visar bara att man är lika viktig om man är på bänken, säger hon till SVT Sport.
Det blev 1-0 efter en stökig situation framför mål. Målet blev matchens enda.
Båda lagen skapade chanser under 90 minuter. Ingen kom till slut.
Melina Loeck stod för flera superräddningar i Hammarbymålet.
– Hon står på huvudet och gör både den ena och andra räddningen, en fantastiskt målvakt, säger tränaren William Strömberg till SVT Sport.
Häckens tränare Elena Sadiku var besviken efter slutsignalen.
– Det är klart att det gör ont. Jag skulle ljuga om jag säger något annat, säger Sadiku.
Häckens Felicia Schröder hyllade Loeck.
– Hon stod på rätt plats och var deras hjälte, säger Schröder.
Hammarby tar revansch efter att ha förlorat Europa Cup-finalen mot Häcken för två veckor sedan. Det är tredje cuptiteln på fyra år för "Bajen".