Paulos Abraham satte returen efter att Victor Lind träffat stolpen. Ledningen stod sig till paus.
Därefter tog belgarna över. Danylo Sikan nickade in 1–1 i den 47:e minuten.
I den 81:a minuten kom avgörandet. Målvakten Warner Hahn tippade ut en retur rakt i planen. Mihajlo Cvetković fick gott om tid att göra 2–1.
Anderlecht gjorde ett mål till i slutet. Totalt blev det 4–2 över två matcher.
– Det är så klart tråkigt att åka ur, säger Nahir Besara.
Nu väntar Conference League för Hammarby.
Källor
BollsvenskanBesara och Boudri startade på bänken – Hammarby tappade ledning och föll med 3-1 borta mot RSC Anderlecht↗