Paulos Abraham gav Bajen drömstart efter två minuter. Victor Lind sköt i stolpen och Abraham satte returen.
Ledningen stod sig till paus. Men i andra halvlek tog belgarna över helt.
Danylo Sikan kvitterade efter två minuter. I 81:a minuten tippade Warner Hahn ut en retur rakt i planen. Mihajlo Cvetković fick gott om tid och satte 2-1.
Anderlecht satte även 3-1 i slutet av ordinarie tid.
Nahir Besara började på bänken trots att han bar kaptensbindeln på presskonferensen dagen före. Oscar Johansson Schellhas fick chansen från start istället.
Hammarby dominerade första halvlek men orkade inte hålla emot belgarna i andra. Totalt 4-2 i dubbelmötet innebar slutstation i kvalet.
– Det är så klart tråkigt att åka ur, säger Besara.
Ännu en gång visar svenska lag svårigheter att hålla nivån i 90 minuter mot europeisk opposition.
Nästa match:
- Hammarby möter BK Häcken på 3Arena söndag 2026-08-09 kl 15:00 (omgång 16).