Nahir Besara gjorde tre mål. Victor Lind svarade för det fjärde.
Besara satte två mål på en halvtimme och gav sitt lag total kontroll. MFF reducerade genom Busuladzic i slutet på första halvlek efter en tavla av Warner Hahn.
Det hjälpte inte. Hammarby fortsatte att dominera.
– Jag har aldrig sett Malmö så svaga, faktiskt, säger Montader Madjed. Det kändes inte som att vi mötte ett Malmö, det kändes som att vi mötte ett mittenlag.
Erik Botheim är uppgiven efter förlusten.
– Ingenting fungerar i dag. Jag ber om ursäkt, självklart. Det gör ont att leverera en sådan prestation, säger han.
Malmö har nu släppt in 15 mål på åtta omgångar.
– Det är pinsamt, säger mittbacken Colin Rösler.
Hammarby fick revansch efter finalförlusten mot Mjällby i torsdags. Malmö fortsätter att kränga.