De ordinarie 90 minuterna slutade mållöst. Båda lagen skapade chanser men målvakterna höll tätt.
Emilie Joramo tvingade Häckens målvakt till en jätteräddning i andra halvlek. Men det var inte förrän i den 108:e minuten som målet kom.
Mari Nyhagen, inbytt endast minuter tidigare, spräckte nollan efter en stökig situation framför målet.
– Självklart vill man starta, men detta visar bara att man är lika viktig om man är på bänken, säger hon till SVT Sport.
I andra änden höll Melina Loeck nollan med flera superräddningar.
– Hon står på huvudet och gör både den ena och andra räddningen, en fantastiskt målvakt, säger tränaren William Strömberg.
Häckens Felicia Schröder håller med:
– Hon stod på rätt plats och var deras hjälte.
Det är Hammarbys tredje cuptitel på fyra år. Samtidigt revansch efter två raka förluster mot Häcken.