Paulos Abraham öppnade målskörden redan efter fem minuter. Hampus Skoglund slog inlägg från högerkanten. Abraham tryckte in bollen.
Mads Hansen kvitterade för BP efter dryga halvtimmen. Men Markus Karlsson gav Bajen ledningen igen innan halvtid med sitt första mål för säsongen.
I andra halvlek utökade Hammarby till 3–1. Det blev en komfortabel seger på hemmaplan.
Oscar Steinke gjorde sin första start för Hammarby. 20-åringen var en av två förändringar från kryssmatchen mot Örgryte.
I BP debuterade tidigare Hammarby-backen Pavle Vagic för sitt nya lag.
Segern håller Hammarby kvar i jakten på serieledande Sirius.