Ordfördande Pelle Nilsson säger att styrelsen velat ge Lindholm tid att vända trenden. Det har inte fungerat.
– Därför har klubben och Johan enats om att avsluta samarbetet, säger Nilsson i ett pressmeddelande.
Lindholm, 38, tog över som huvudtränare i augusti 2024. Han fick laget att säkra kontraktet i allsvenskan och fick ett nytt avtal över 2027.
HBK arbetar nu med att hitta en interimslösning.
Det är andra tränarsparken i Halmstads BK på mindre än ett år.