Det var Malmös tredje raka förlust i Allsvenskan. På de tre senaste matcherna har laget släppt in tio mål och halkat ner till en åttonde plats i tabellen.
Malmö-spelaren Sead Haksabanovic var dyster efter matchen.
– Vi måste bara titta oss själva i spegeln. Det är väldigt tungt för alla, sade han till SVT Sport.
Hammarbys ytter Montader Madjed, 21, hade en stark match. Efteråt var han inte nådig i sin bedömning av motståndarna.
– Jag tycker att Malmö är ganska dåliga i dag. Det är inget bra Malmö vi möter. De såg inte bra ut och vi kör över dem, sade Madjed till Sportbladet.
Malmö lyckades bara avlossa ett skott på mål under hela matchen. Det kom i form av ett reduceringsmål mot slutet av första halvlek. Hammarby svarade med 18 avslut totalt.
Madjed byttes ut i den 80:e matchminuten. Han berättade att han knappt kände igen Malmö under matchen.
– Jag har aldrig sett Malmö så svaga faktiskt. Jag trodde faktiskt inte de kunde bli så svaga, sade 21-åringen.
Han gick ännu längre i sin kritik och jämförde storklubben med ett bottenlag.
– Jag har sett dem spela bra fotboll. I dag kändes det inte som att vi mötte ett topplag. Det kändes som att vi mötte ett lag mer i botten eller mitten, sade Madjed till Sportbladet.
Madjed har gjort fyra mål på 17 tävlingsmatcher den här säsongen.
Mitt i den tunga perioden har Malmö också gjort förändringar i ledningen. Klubben rekryterade nyligen Philip Berglund, tidigare chefsscout i Hammarby, som ny sportchef.