Lindgren satte 1–0 redan i den fjärde minuten. Ett självmål gjorde 2–0 i den 20:e minuten.
Gabriel Busanello reducerade för MFF. Sedan gjorde Lindgren sitt andra mål i den 37:e minuten.
Erik Botheim kvitterade till 2–3 i den 40:e minuten. Men Häcken höll undan i andra halvlek.
Häcken är nu obesegrade efter sju omgångar med två vinster och fem kryss.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var frustrerad efter matchen. "Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan", sa han.
6163 åskådare såg matchen på Nordic Wellness Arena.
Häckens lagkapten Mikkel Rygaard hade före matchen pratat om att bli mer noggranna i båda straffområdena. Den önskan gick inte i uppfyllelse för något av lagen.