Gustav Lindgren gjorde två mål för Häcken. Först i den fjärde minuten, sedan i den 37:e.
Däremellan kom ett självmål som gav Häcken 2-0. Gabriel Busanello reducerade för Malmö i den 24:e minuten. Erik Botheim kvitterade till 2-2 i den 40:e.
Sedan blev det 3-2. Häcken obesegrat efter sju omgångar.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var frustrerad efter matchen.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste försvara bättre, vi måste vara mer aggressiva över hela banan, säger han enligt klubbens hemsida.
6163 åskådare såg matchen på Nordic Wellness Arena.
Malmö tappade viktiga poäng i toppen av tabellen.