Gustav Lindgren gjorde två mål. Han sköt in 1-0 redan i den fjärde minuten och 3-1 i den 37:e. Däremellan fick Häcken ett självmål.
Gabriel Busanello reducerade till 1-2 i den 24:e minuten. Erik Botheim kvitterade till 2-2 i den 40:e. Men Lindgrens andra mål blev matchavgörande.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var inte nöjd efter matchen:
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste försvara bättre, vi måste vara mer aggressiva över hela banan, vi måste vara mer uppmärksamma på spelvändningar.
Häcken fortsätter obesegrat i Allsvenskan. För Malmö FF innebär förlusten att de defensiva problemen kvarstår.