Adrian Svanbäck nickade in Mikkel Rygaards hörna vid första stolpen i minut 52. Robin Olsen kom inte åt bollen.
– Jag är helt omarkerad och bara nickar dit den, säger Svanbäck till TV4.
Malmö tog över efter målet och jagade kvittering. Anders Christiansen sköt i mål från egen planhalva när Etrit Berisha stod långt ut. Målet bortdömdes för offside.
På repris såg Christiansen ut att stå på egen planhalva när passet slogs.
– Jag är onside, det kändes som att jag var på egen planhalva, säger Christiansen.
Häcken ligger nu fyra poäng bakom Hammarby på tredjeplatsen i allsvenskan. Fjärdeplatsen kan bli avgörande för europaspel.