Felicia Schröder avgjorde finalen hemma i Göteborg. Tre mål av henne räckte för att lyfta pokalen.
Hammarby kvitterade till 2–2 genom Elin Sørum i andra halvlek. Men Schröder satte 3–2 efter ännu ett samspel med Anna Anvegård.
Klubbchef Marcus Jodin är stolt över den europeiska titeln. Men prispengen är ett problem.
– Det här är en jättetitel och en europeisk titel som är väldigt svår att vinna, säger Jodin till SVT.
Till jämförelse får vinnaren av herrarnas Europa League nästan 300 miljoner kronor. Hammarbys tränare har tidigare kritiserat nivån på prispengen.
Lagen möts igen om 15 dagar. Då i finalen i svenska cupen.
– Vi är redo för revansch, säger Hammarbys Svea Rehnberg.
Det är första gången i klubbens 86-åriga historia som Häcken vinner en europeisk titel.