Felicia Schröder blev matchhjälte med tre mål i returmötet. Hon avgjorde efter att Hammarby kvitterat till 2–2.
Men glädjen över klubbens första internationella titel skuggas av prispengen. Totalt får Häcken omkring fyra miljoner kronor för hela turneringen.
Till jämförelse får vinnaren av herrarnas Europa League minst 300 miljoner kronor.
– Jag ger underbetyg till Uefa, säger klubbchef Marcus Jodin till SVT.
Trots det är Jodin stolt.
– Det här betyder jättemycket. Det är en europeisk titel som är väldigt svår att vinna, men nu har vi gjort det.
Revansch kommer snabbt. Den 16 maj möts lagen igen i finalen av svenska cupen.
– Jag hade gärna spelat den om en halvtimme, säger Hammarbys Alice Carlsson till SVT.
Titeln är den första internationella i klubbens 86-åriga historia.