Felicia Schröder blev matchhjälte med hattrick i returmötet på Bravida Arena. Häcken ledde 2–0 efter nio minuter.
Hammarby kom tillbaka och kvitterade till 2–2 genom Svea Rehnberg och Elin Sørum. Men Schröder avgjorde med sitt tredje mål.
Det är första europeiska titeln i klubbens 86-åriga historia. Häcken har redan vunnit SM-guld.
Nästa steg är Svenska Cupen-finalen den 16 maj. Återigen mot Hammarby, på 3Arena i Stockholm.
En seger där innebär historisk trippel – SM-guld, Europatitel och inhemsk cuptitel samma säsong. Ingen svensk klubb har gjort det tidigare.
Häcken vann första finalmatchen i Europa Cup med 1–0 borta. Senast lagen möttes i cupsammanhang höll Häcken tätt bakåt.
Schröders form blir avgörande om guldsviten ska fortsätta.