Lindgren öppnade målskyttet efter bara fyra minuter. Sedan kom ett självmål i den 20:e minuten – 2–0.
Gabriel Busanello reducerade för Malmö i den 24:e minuten. Erik Botheim kvitterade till 2–2 i den 40:e.
Lindgren avgjorde med sitt andra mål i den 37:e minuten.
Häckens lagkapten Mikkel Rygaard sa före matchen att laget varit för slarvigt i straffområdena. Den här gången räckte det.
Malmös tränare Miguel Angel Ramirez var besviken efter matchen.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan, sa han.
6 163 åskådare såg matchen på Nordic Wellness Arena. Häcken är fortsatt obesegrade i Allsvenskan efter sju omgångar.