Lindgren slog till redan i den fjärde minuten. Han gjorde även 2–1 i den 37:e minuten.
Däremellan blev det ett självmål som gav Häcken 2–0. Gabriel Busanello och Erik Botheim kvitterade för Malmö, men det räckte inte.
Häcken avgjorde innan halvtid och höll undan i den andra.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var kritisk efter matchen:
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste försvara bättre, vi måste vara mer aggressiva över hela banan.
Häcken är fortfarande obesegrade i årets allsvenska. Efter sju omgångar har de två segrar och fem oavgjorda.
6 163 såg matchen på Nordic Wellness Arena.
Malmö fortsätter att tappa poäng i toppmöten.