Lindgren slog till redan efter fyra minuter. I den 20:e minuten ökade Häcken på 2-0 genom ett självmål.
Gabriel Busanello reducerade för Malmö i den 24:e minuten. Lindgren svarade med sitt andra mål i den 37:e.
Erik Botheim kom tillbaka för Malmö i den 40:e minuten. Men det räckte inte.
Malmötränaren Miguel Angel Ramirez var kritisk efter matchen.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste försvara bättre, vi måste vara mer aggressiva över hela banan, sa han.
Häckenkaptenen Mikkel Rygaard hade innan match pratat om att laget bjudit bort poäng. Nu fick de äntligen sina tre poäng.
6163 åskådare såg Häcken fortsätta sin obesegrade inledning på säsongen.