Malmö tog ledningen genom ett självmål i den 20:e minuten. Lindgren reducerade snabbt. Gabriel Busanello svarade för att göra det till 2–1 till gästerna.
Lindgren kvitterade i den 37:e minuten. Erik Botheim gjorde 2–2 strax före paus.
I andra halvlek kom segermålet. 6163 åskådare på Nordic Wellness Arena såg Häcken ta tre poäng.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var inte nöjd efteråt.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan, vi måste vara mer uppmärksamma på spelvändningar, säger han.
Häckens lagkapten Mikkel Rygaard hade sagt före match att laget behövde bli mer noggranna i båda straffområdena. Det hjälpte inte när det gällde.
Häcken är fortfarande obesegrade efter sju omgångar med tre segrar och fyra oavgjorda.