Målen kom från Abdoulaye Doumbia och Gustav Lindgren. Alla tre fullträffar gjordes i andra halvlek.
Första halvleken slutade 0–0 efter en intensiv och kampfylld inledning.
– Vår första halvlek är svag, framförallt i presspelet där vi blir för passiva, säger Jens Gustafsson.
Häcken kom ut med helt annan energi efter paus.
– Vi vinner andrabollarna och är mer intensiva upp, säger Gustafsson, som lyfter fram inhopp arnas betydelse.
– Hela truppen bidrar till den här vinsten, säger tränaren.
Segern är Häckens andra raka i Göteborgsderby, efter vinsten borta mot IFK Göteborg senast. Nu har laget sex poäng på två matcher mot stadsrivaler.