Lindgren slog till efter bara fyra minuter. Sedan kom ett självmål i den 20:e minuten – 2-0.
Gabriel Busanello reducerade för Malmö. Men Lindgren svarade direkt med sitt andra mål.
Erik Botheim gjorde 3-2 i den 40:e minuten. Sedan blev det mållöst.
Malmö-tränaren Miguel Angel Ramirez var inte nöjd efter matchen.
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste försvara bättre, vi måste vara mer aggressiva över hela banan, sade han enligt klubbens hemsida.
Häcken är fortsatt obesegrat i årets Allsvenskan. 6163 åskådare såg matchen på Hisingen.
För Malmö fortsätter problemen i defensiven – tre insläppta mål på bortaplan innebär att tappade poäng i kampen om topplaceringarna.