Gustav Lindgren blev matchhjälte med två mål i den första halvleken. Han slog till redan i fjärde minuten och satte sedan 3-2 i minut 37.
Gabriel Busanello och Erik Botheim svarade för Malmös mål. Men det räckte inte.
Häcken fick även hjälp av ett självmål i den 20:e minuten. Då hade Malmö ledningen.
Malmös tränare Miguel Angel Ramirez var besviken efter matchen:
– Det var för lätt att göra mål på oss idag. Vi måste vara mer aggressiva över hela banan.
Häcken är fortsatt obesegrade efter sju omgångar. Två vinster och fem oavgjorda.
Lagkapten Mikkel Rygaard hade sagt före matchen att laget behövde bli mer noggranna i båda straffområdena. Det blev Malmö som fick betala priset för bristande skärpa.
6163 åskådare såg Häcken ta tre poäng i kampen om toppen av Allsvenskan.